용도에 의한 분류

• 생물현미경
• 금속현미경
• 측정현미경
• 실체현미경

형태에 의한 분류

• 정립형 현미경
• 도립형 현미경

기능에 의한 분류

• 명시야 현미경
• 암시야 현미경
• 편광 현미경
• 미분간섭 현미경
• 위상차 현미경
• 형광 현미경
• 공초점 현미경

그외 현미경

• 적외선 현미경
• 자외선 현미경
• X선 현미경
• 전자현미경
• 원자 현미경